Es scheint nahe liegend, dass die Absetzung der Oper Idomeneo auch durch die Reaktionen auf die Rede von Papst Benedikt XVI. zum Thema „Glaube, Vernunft und Universität“ am 12. September 2006 in Regensburg bestimmt war. Das Oberhaupt der katholischen Kirche hatte sich dort mit dem Islam einerseits und der instrumentellen Vernunft andererseits beschäftigt. Für Empörung sorgte ein in die Rede eingeflochtenes Zitat des byzantinischen Kaisers Manuel II. Palaeologos (1350-1425), der im Zuge einer zeitgenössischen Diskussion gemeint hatte: „Zeig mir doch, was Mohammed Neues gebracht hat, und da wirst du nur Schlechtes und Inhumanes finden, wie dies, dass er vorgeschrieben hat, den Glauben, den er predigte, durch das Schwert zu verbreiten.“ Postwendend forderten islamische Organisationen sowie Politiker*innen islamischer Länder eine Entschuldigung des Papstes – häufig vor dem Hintergrund völlig verzerrter Darstellungen des Inhalts der Rede. Im Westjordanland wurden Brandanschläge auf christliche Kirchen verübt und auch in einigen weiteren Ländern fanden wütende Demonstrationen statt (sh. dazu u.a. faz.net, 16.09.2006; sueddeutsche.de, 17.05.2010).
Eine Woche später stellte Benedikt XVI. im Rahmen einer Generalaudienz klar: „Dieses Zitat war leider dazu geeignet, missverstanden zu werden. Für den aufmerksamen Leser meines Textes aber wird klar, dass ich mir in keiner Weise die negativen Worte des mittelalterlichen Kaisers zu eigen machen wollte – und dass deren polemischer Inhalt nicht meine persönliche Überzeugung ausdrückt.“ Die Proteste flauten danach ab.
Auch in diesem Fall wird allerdings deutlich, dass „hinter“ der religiösen Auseinandersetzungen auch politische Motive stehen: In der Türkei etwa standen nicht verletzte religiöse Gefühle im Mittelpunkt der Kritik, sondern die Berufung des Papstes auf ein christlich und hellenistisch geprägtes Europa, die als politische Stellungnahme zu den EU-Ambitionen des Landes gewertet wurde. Dass Religionskonflikte auch auf politischer Ebene geführt werden, sieht man zum Beispiel aktuell am Nordirlandkonflikt zwischen den „Katholiken“ und den „Protestanten“.