Das Drei-Säulen-Modell gibt es seit dem Inkrafttreten des Vertrages von Lissabon 2009 in der unten beschriebenen Form nicht mehr. Die Europäische Gemeinschaft wurde durch die Europäische Union ersetzt. Diese besitzt internationale Rechtspersönlichkeit und kann daher nicht mehr wie im klassischen Drei-Säulen-Modell als Dachorganisation gesehen werden. Es gibt neue einheitliche Rechtsvorschriften. So gelten bei der justiziellen bzw. polizeilichen Zusammenarbeit nun die allgemein üblichen Regeln, das Mitspracherecht des Parlaments wird dadurch gestärkt: Vorher musste es in diesem Politikbereich nur angehört werden.
Bis zum Inkrafttreten des Vertrages von Lissabon wurde unter dem Drei-Säulen-Modell folgendes verstanden: Entsprechend dem Drei-Säulen-Modell umfasst die erste Säule die Europäische Gemeinschaft (EG, bis zum Vertrag von Maastricht Europäische Wirtschaftsgemeinschaft“ EWG) und die Europäische Atomgemeinschaft (EURATOM); der Vertrag über die Gründung der „Europäischen Gemeinschaft für Kohle und Stahl (EGKS)“, der ebenso Teil der ersten Säule war, lief im Juli 2002 aus. Die erste Säule verkörpert die am weitesten entwickelte Form der Vergemeinschaftung. Im Rahmen der EG können die Gemeinschaftsorgane in den ihnen zur Wahrnehmung übertragenen Politikbereichen Recht setzen, das in den Mitgliedstaaten unmittelbar gilt und Vorrang vor dem nationalen Recht beanspruchen kann.
Die zweite und die dritte Säule symbolisieren die Bereiche der zwischenstaatlichen Zusammenarbeit. Dabei steht die zweite Säule für die Außen- und Sicherheitspolitik und die dritte Säule für die polizeiliche und justizielle Zusammenarbeit in Strafsachen. Das „Dach“ besteht aus den Rechtsvorschriften, die allen drei Politikbereichen gemeinsam sind. Diese übergreifenden Bestimmungen betreffen beispielsweise die Organe und Einrichtungen der EU wie Rat, Kommission usw. Das gemeinsame „Fundament“ für die drei Säulen bilden die Bestimmungen zur Änderung der Verträge, zur Aufnahme neuer Mitgliedstaaten usw.
Bereits während des Bestehens des Drei-Säulen-Modells ist es mehrfach zu Kompetenzverschiebungen innerhalb der einzelnen Säulen gekommen. So wurde die dritte Säule beispielsweise mit dem Vertrag von Amsterdam auf die justizielle und polizeiliche Zusammenarbeit reduziert.
Quellen: https://www.eda.admin.ch/dam/dea/de/documents/fs/FS-EU-Grundidee_de.pdf, https://www.parlament.gv.at/PERK/GL/EU/D.shtml, https://www.bundesregierung.de/breg-de/service/vertrag-ueber-die-europaeische-union-maastricht-vertrag–407274 (Stand 14.03.2022)